Martin Bambauer wurde 1970 in Wesel (Niederrhein) geboren. Nach Anstellungen in seiner Heimatstadt (1989 – 1994) und in Neuss (1994 bis 1998) ist er seit 1999 Kantor und Organist an der Ev. Kirche zum Erlöser (Konstantin-Basilika) in Trier sowie Kreiskantor des Evangelischen Kirchenkreises Trier.

Er studierte Evangelische Kirchenmusik an der Robert-Schumann-Hochschule Düsseldorf (Orgel bei KMD Hanns-Alfons Siegel und Prof. Hans-Dieter Möller, Improvisa tion bei Prof. Dr. Gustav. A. Krieg, Klavier bei Thomas Palm, Chorleitung bei Prof. Hartmut Schmidt und Prof. Volker Hempfling). Nach dem A-Examen (im Fach Improvisation mit Auszeichnung) setzte er seine Orgelstudien in der Konzertklasse von Prof. Daniel Roth (Paris) an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt a.M. fort, wo er 1999 die Konzertreifeprüfung und 2001 das Konzertexamen absolvierte. Zahlreiche Meisterkurse, u.a. bei Olivier Latry, Ben van Oosten, Ewald Kooiman, Jon Laukvik und Marie-Claire Alain, ergänzten seine Ausbildung.

Martin Bambauer ist Preisträger internationaler Orgelwettbewerbe (z.B. 1994 in Elburg / NL, 1995 1. Preis des Orgelimprovisationswettbewerbs in Schwäbisch Gmünd). 1995 erhielt er den Förderpreis des 1. Int. Orgelfestivals „Fugato“ in Bad Homburg v.d.H.

Martin Bambauer konzertiert als Organist in ganz Deutschland (u.a. Ulmer Münster, Marktkirche Wiesbaden, Altenberger Dom, Abteikirche Himmerod, Erfurter Dom, Schlosskirche Altenburg, Kreuzkirche und Frauenkirche Dresden), der Schweiz, Frankreich (u.a. in den Pariser Kirchen Ste-Trinité, St. Augustin, St. Sulpice und der Kathedrale Notre-Dame), Belgien, England (u.a. Kathedralen zu Gloucester und Norwich), Schottland, Norwegen, Italien, Russland (Philharmonien St. Petersburg und Belgorod) und in den USA.

Im Rahmen der „50th Conference on Organ Music“ spielte er das Guest Recital im Hill Auditorium der University of Michigan, Ann Arbor (USA) und hielt einen Vortrag über Charles Tournemire. Aus Anlass des 100. Geburtstages von Maurice Duruflé brachte er 2002 dessen gesamtes Orgelwerk zur Aufführung. Vom 21. März 2010 (Bachs Geburtstag) bis zum Silvesterabend desselben Jahres spielte er das gesamte Orgelwerk von Johann Sebastian Bach in 25 Veranstaltungen (Konzerten, Orgelmatineen und –vespern) an der Schuke-Orgel der Konstantin-Basilika. In den Jahren 2016 bis 2018 widmet er sich der Gesamtaufführung der 10 Orgelsymphonien Charles-Marie Widors an der Eule-Orgel der Konstantin-Basilika.

Zahlreiche CD-Aufnahmen – darunter eine Aufnahme mit Weltersteinspielungen von Werken César Francks an der Cavaillé-Coll-Orgel der Kathedrale zu Carcassonne, die sehr gute Rezensionen erhielt (Fono Forum, Musica Sacra) –dokumentieren seine künstlerische Tätigkeit.
Zu seinen jüngsten CD-Einspielungen zählen Aufnahmen der Cavaillé-Coll-Orgel von St. Sulpice Paris (Widor–Orgelsymphonien 1 + 2, erschienen bei Aeolus) sowie der symphonischen Eule-Orgel der Konstantin-Basilika Trier (erschienen bei Motette-Ursina).

An der Musikhochschule Köln war Martin Bambauer von 2001 bis 2008 Dozent für Liturgisches Orgelspiel und Improvisation.

Als Dirigent hat er bedeutende oratorische Werke von u.a. Bach (Weihnachtsoratorium, Johannes-Passion, Matthäus-Passion, h-Moll-Messe, Magnificat, zahlreiche Kantaten etc.), Händel (Messiah), Telemann (Lukas-Passion 1728), Mozart (Requiem, Krönungsmesse, Große Messe c-Moll), Beethoven (Missa solemnis), Mendelssohn (Elias), Brahms (Ein deutsches Requiem), Bruckner (Te Deum), Reger (Der 100. Psalm), Elgar (The dream of Gerontius), Berlioz (Te Deum), Fauré (Requiem), Poulenc (Gloria, Stabat mater), Duruflé (Requiem), Bernstein (Chichester psalms) aufgeführt. In Trier arbeitet er mit dem Trierer Bachchor und dem von ihm im Jahr 2000 gegründeten Caspar-Olevian-Chor.

Regelmäßig ist er als Pianist verschiedener Kammermusik-Ensembles (darunter das Trio Corleone) sowie als Orgelpädagoge (Vorträge und Kurse im In- und Ausland) und Jurymitglied tätig.

An der Konstantin-Basilika Trier ist er künstlerischer Leiter des renommierten „Internationalen Orgelsommers“, bei dem viele Organistinnen und Organisten von Weltrang während der letzten 40 Jahre konzertiert haben.

Mit dem Neubau der symphonischen Hauptorgel für die Konstantin-Basilika (87 / IV + P) im Jahr 2014 durch die Firma Hermann Eule Orgelbau (Bautzen) initiierte er ein beachtenswertes europäisches Orgelbauprojekt in einem bedeutenden historischen Kirchenraum, der zum UNESCO-Welterbe zählt.

In Anerkennung und Würdigung seiner Verdienste auf landeskirchlicher Ebene wurde Martin Bambauer im Januar 2017 zum Kirchenmusikdirektor (KMD) ernannt.